GROMACS的安装方法含全程视频演示
注：GROMACS通常在Linux下运行，本文只讲在Linux下的编译和安装方法。GROMACS在Windows下也照样可以完美编译和运行，参见GROMACS的原生Windows版的编译和安装方法http://sobereva.com/458，里面还提供了笔者编译好的Windows版。
GROMACS的安装方法
本文对最流行的分子动力学GROMACS程序在Linux下的安装方法进行详细说明。当新出的GROMACS版本的安装方法和本文所述出现较大差异时，本文也会做相应的更新。PS：之前笔者也写过老版本GROMACS安装方法，见Gromacs5.1.1与4.6.7编译方法http://sobereva.com/247和Gromacs4.0.4、4.5.5版安装方法http://sobereva.com/29，但这俩文章对于目前版本来说已经没有意义了。
下面介绍的是GROMACS2023系列最后一个版本2023.8版的安装，对GROMACS2023及之后的各个版本经测试也完全适用一直到2024.1版我都测试过。本文是针对计算化学工作者最常用的CentOS7.6操作系统写的，对于其它Linux系统的用户，安装方法可能与本文有异。本文的CentOS7.6是按照在VMware15中安装CentOS7.6的完整过程视频演示http://sobereva.com/454演示的方式完全新装的。本文假定读者是root用户，程序将被安装到/sob目录下。如果你是普通用户，请随机应变，恰当设置路径。本文所示的安装过程中主机全程都能访问Internet。本文编译用的C++编译器是操作系统自带的gcc，虽然用IntelC++编译器也可以，但编译出的程序的速度没有显著差别。
从GROMACS2023开始，要求gcc编译器版本>=5，而CentOS7.x的gcc版本是4.8.5，因此2023版没法直接在CentOS7.x下装。要么升级gcc版本有一定风险，方法自行google，要么用老一点的GROMACS，要么用CentOS>=8.0版。从GROMACS2023开始，还要求cmake版本必须>=3.17，而CentOS8的软件源里的cmake版本偏老，因此必须按照下文所述手动安装cmake。另外值得一提的是，如果你的gcc很新而GROMACS版本较老，也可能编译不过去，比如我发现RockyLinux9自带的gcc11.2.1编译GROMACS2023.8就无法编译通过。
下面安装的是纯CPU运算、单精度、能单机并行但不能跨节点并行的版本。如果需要GPU加速或跨节点或双精度运算，看文末的附注。本文用make的时候使用了-j选项以通过并行编译降低编译耗时，但个别情况下可能导致编译出错，在虚拟机下编译还有卡住的可能，届时请去掉-j再试。下文的安装过程有全程视频演示，初学者不熟悉Linux的话请严格效仿着安装：https://www.bilibili.com/video/av39749252/。
顺带一提，如果你刚接触GROMACS，想一次性完整系统学习分子动力学模拟知识和GROMACS程序的话，非常推荐参加北京科音分子动力学与GROMACS培训班http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html。1安装cmake3.x
GROMACS2023需要系统里有cmake3.x才能编译。CentOS7.6自带的cmake版本太老，因此需要先装cmake3.x。
然后在终端里输入yuminstallcmake3即可下载和安装cmake包，遇到提示的时候都输入y。之后输入cmake3/V命令，如果显示出了3.x的版本号就说明没问题了。
注1：如果用yum的时候出现乱七八糟的提示安装不了，把操作系统重启一下往往就好了。
然后运行make-jinstall开始编译，过一会儿编译完毕后，就出现了/sob/fftw338目录。然后可以把FFTW的解压目录和压缩包删掉了。3安装GROMACS
此时程序就被编译和安装到了/sob/gmx2023.8目录下。修改用户目录下的.bashrc文件比如运行gedit~/.bashrc，在末尾加入source/sob/gmx2023.8/bin/GMXRC，然后保存。
之后关闭终端窗口，再次打开终端，输入gmx-version，看看是否输出了GROMACS的相关信息，是的话就说明安装成功了。之后可以把GROMACS压缩包和解压出来的目录删掉。
实际上，FFTW库可以不必手动安装，因为可以在安装GROMACS时自动下载并安装FFTW库。但由于国内